1964年、新聞社所属のジャーナリストの柿本晴彦は彼女とドライブ中に不思議な現象に出会う。興味を持った柿本は取材を始めるが、社の上層部からの圧力で中断させられる。一方彼女の堀美希は科学者である兄の堀直治の研究を手伝っていた。
その研究とは師事していた博士から個人的に引き継いだ軍事機密でもあった。（この辺りかなり変な言い回しだな）兄はこれを平和目的に転換しようとした。
柿本は社としては中断させられた取材を独自に続行するなかで、同じような体験をした人たちに出会う。そして、新聞社の役員会議中に大きな地震が発生、同時にビルの谷から巨大生物が出現した。巨大生物は立ち上がったときにバランスを崩し新聞社のビルに向かって倒れる。巨大生物は会議室のある階に手を着いてしまったのでその階を中心に破壊された。再び立ち上がった巨大生物は海岸を目指して歩き出した。
市街地を移動中は自衛隊も積極的に攻撃できない。威嚇射撃で追い込み電線を利用した感電計画を立てる。
海へ向かう巨大生物を山間ヘ進路変更させ、鉄塔のある地域へ追い込むことは成功したが、電流を帯電した巨大生物は凶暴化してしまった。
見開いた目は白濁し、前後不覚になりながらも歩き回り、また街へ向かっていった。巨大生物は口から電気を発し、建物を発火させて街を炎上させた。
巨大生物は軍の秘密兵器として開発された人工生命体で、元々はおとなしく人に懐き易い性質だった。終戦後も地方の地下施設で研究飼育されていたが逃げ出し、今回の騒動になった。新聞社の重役達はこの生物の計画に出資していたので、この件に近づく柿本の取材を止めさせた。
美希はこの惨事を目の当たりにし、兄に研究中の電磁誘導マイクロ波（メーザーウェーブ）で巨大生物を撃退できないかと相談する。兄は悩んだ末、承諾する。
美希はメーザーウェーブを柿本に教え、一緒に自衛隊に協力を求める。メーザーウェーブの発射装置を砲塔に改造した戦車を急造し、巨大生物迎撃作戦を再開する。通常戦車で威嚇し今度は海岸へ追い込んだ。巨大生物の電撃に苦しめられながら遂に海岸まで追い詰める。メーザーウェーブ砲を発射。巨大生物は急激に発熱し内臓が破裂、その場で絶命した。
メーザーウェーブ砲の存在が社会に公開されることになったが、理論などが正しく認められ、兄は研究を続行しその仕組みを利用した調理器具を開発することができた。巨大生物については一時期マスコミを筆頭に騒ぎになったが、政府は黙り続け、社会からは次第に忘れられていった。
